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Campanario y Tejados del Oratorio San Felipe Neri.Sucre.

En 1825 el territorio de la Audiencia de Charcas se convirtió en república independiente y un año después implemento las reformas de la Iglesia que consistían en eliminar su control sobre la propiedad y el capital, par que el gobierno lo pudiera emplear en la educación. Estas medidas fueron: La supresión del clero regular, la supresión de las hermandades religiosas, la confiscación de las propiedades eclesiásticas y la subordinación de la Iglesia al gobierno, que significaba el nombramiento de los obispos. La Iglesia boliviana nacía sin privilegios.

Posteriormente se planteo un periodo de reorganización eclesiástica iniciado por el obispo de La Paz José María Mendizábal, que fue relevado en 1836. En 1843 se creó el obispado de Cochabamba. En estos primeros años republicanos, los franciscanos dieron un empuje solitario a las tareas misionales. Esta etapa de reorganización contó con una medida estatal sobre la que se asentó la Iglesia: en 1862 una ley estableció que el párroco enseñaría las primeras letras allí donde faltara escuela; a partir de esta ley la Iglesia asumió el papel de educadora del primer nivel de la enseñanza hasta la década del 60 del siglo XX.

En la disputa entre librecambistas y proteccionistas, la Iglesia actuó en franca oposición al liberalismo durante todo el siglo XIX. Entre 1880 y 1900 se apego alas posiciones del partido conservador porque era confusamente católico y las relaciones Iglesia-Estado fueron amables hasta el fin de la centuria. Joseph Barnadas explica estas relaciones como coloniales y dice que existía un equilibrio que ninguno quería quebrar: “Para el Estado habría significado el peligro de perder la legitimación social del clero (con todo su poder persuasivo en ideología) y de exponerse a una critica político-religiosa; para la Iglesia recuperar una perspectiva preconstantiniana y precesarista; exponiéndose a la perdida de los favores mas o menos turbios que recibía del Estado…”.