La historia de la Iglesia en Charcas, aun no organizada, comienza en 1536, fecha en la que ya existía una presencia misionera en el territorio de lo que hoy es Bolivia.
Los dominicos llegaron a las orillas del lago Titicaca y fueron los primeros religiosos que evangelizaron estableciendo doctrinas y conventos, entre ellos en Copacabana, Pomata, Juli, Sepita y Yunguyo. Los franciscanos pasaron, en 1536, al Desaguadero hasta las actuales provincias de Pacajes, Omasuyos y Sica Sica. El año 1539 llegaron a lo que hoy es La Paz. Esta vertiente se extiende por el altiplano y los valles. Posteriormente, desde el Paraguay, surge una segunda vertiente que será la que se extienda por las llanuras.

La primera presencia jesuita data de 1572, fecha de la visita del Virrey Toledo, que fue acompañado por los religiosos José de Acosta y Juan de Vivero. Poco después comienza su labor misionera en diferentes lugares de la Audiencia de Charcas.

Una vez pasados los primeros momentos, caracterizados por las guerras civiles entre pizarristas y almagristas, llego un numero mayor de misioneros. Quedo establecida la jerarquía eclesiástica, y comenzó una nueva etapa.

Del mismo modo que las ciudades reproducían el modelo español, la Iglesia era también una prolongación de la Iglesia española; por ello, las expresiones religiosas respondían también a modelos traídos de la cristiandad ibérica y tenían sus bases en la religiosidad medieval. Se impuso el calendario litúrgico con sus fiestas, novenas, romerías, procesiones para los nativos que vivían en las ciudades.

Según López Menéndez, la erección de las diversas parroquias en Charcas tiene tres etapas: “desde la Conquista hasta 1552, en que se creo el Obispado de La Plata; desde esa fecha hasta 1607, en que se erigieron los Obispos de La Paz, y Santa Cruz, en 1605, y se hizo la delimitación jurisdiccional de las tres Diócesis”.

La organización episcopal en Charcas aseguro una presencia estable de la Iglesia: Dominicos, Franciscanos, mercedarios y agustinos, trabajan en doctrinas, estableciendo capillas, asistiendo a niños en las escuelas donde se les enseñaba la doctrina cristiana, y a leer y escribir.

A partir de 1609, la iglesia de Charcas se constituyo en el Arzobispado de La Plata y los Obispados de La Paz, Santa Cruz de la Sierra, Paraguay, Tucuman y Buenos Aires. Entre los ñaos 1541 y 1589 se fundaron conventos de las diversas congregaciones religiosas en Chuquisaca, La Paz, Cochabamba, Tarija, Santa Cruz, Pocona, Pucarani y Copacabana. Los conventos fueron parte esenciadle la vida urbana en las nacientes ciudades. Los cristianos bautizados buscaban organizarse, recibir la catequesis, lo s sacramentos y practicar sus devociones en las Cofradías o Hermandades y en las Terceras Ordenes.