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Retrato de Tupac Inca Yupanqui con la Coya, su esposa. Lienzo probablemente pintado a principios del siglo XVIII

Los incas solo estuvieron en el Collasuyu alrededor de 60 años, aproximadamente entre 1471 y 1532, lo suficiente para transformar políticamente a la región, introduciendo una profunda mutación poblacional, nuevas formas de explotación de los recursos agrícolas-mineros, y dejando para su devenir histórico importante obras arquitectónicas, vías camineras y grandes zonas agrícolas.

Durante el dominio cusqueño, los señoríos incorporados al Tawantinsuyu, mantuvieron cierta independencia política, pero previo el reconocimiento al Inca, como los Lupaca. El reconocimiento implicaba la imposición de un nuevo orden social en la región.

Los incas introdujeron un eficiente sistema administrativo en base a la organización de jerarquía y espacio; para el Collasuyu, proveyeron varios funcionarios, desde el Apu (gobernador de uno de los suyus); el Suyoyoc Apu (Administrador), en el Tawantinsuyu había dos de estos funcionarios; uno residía en Jauja, y el otro en Tiwanaku; y otros de menor categoría, que eran gobernadores locales, en los que recaía la responsabilidad del control de una regio siempre conflictiva para los Incas. Sin embargo, gran parte de los señores locales del Collasuyu, a través del parentesco se ligaron a varias familias de los soberanos del Cusco, como lo evidencian los manuscritos de los siglos XVI y XVII.

Asimismo se erigieron algunos centros administrativos con funciones urbanas, religiosas y militares, la mayoría de ellos edificados durante las incursiones de Tupac Inca Yupanki y Wayna Capac. Al primero se le debía la refuncionalización de Copacabana y las islas como santuario religioso; durante su conquista en los valles se construyeron Incarracay, Incallajta (Cochabamba), Incawasi, Oroconta y San Lucas (Chuquisaca), la mayoría ciudades militares para detener el avance de los Chiriguanos. Este mismo tipo de construcciones defensivas se localizaban en los contrafuertes de la cordillera oriental, en su sector norte, en el que destaca la fortaleza de Sacambaya (Inquisive), para contener las arremetidas de los Mosetene.

En la altiplanicie también se localizaron algunos centros administrativos, por ejemplo Paria. Muchas de las torres funerarias (chullpas) fueron edificadas bajo el dominio cusqueño, destacando las necrópolis de Silustani (Puno), Pacajes y Carangas. Pero también hubo otras capitales regionales incas, como Hatun Carangas. En muchos de estos lugares estratégicos se nombraron gobernadores incas. El éxito de la funcionalidad de estos recintos incaicos, hay que atribuirlo a la excelente comunicaron desarrollada, que conectaba rápidamente los valles orientales y los de la costa con el altiplano y esto a su vez con la vía que se entroncaba directamente al Cusco, la capital Inca.

El trato que recibió Copacabana y las islas esta estrechamente relacionado al lejano origen que tuvieron los Incas. La zona fue embellecida por Tupac Inca Yupanqui. En realidad fue uno de los tres santuarios mas visitados del Tawantinsuyu, desde luego después del Coricancha (Cusco) y de Pachacamac (en la costa). A Copacabana, los incas trasladaron 42 grupos de mitimaes que representaban a similar cantida de grupos étnicos conquistados: “Anancusco, Hurincusco, Ingas, Chinchaysuyus, Quitos, Pastos, Chachapoyas, Cañaris, Cayambis, Latas, Caxamarcas, Huamachucos, Guaylas, Yauyos, Ancaras, Quichuas, Mayos, Guancas, Andesuyos, Condesuyos, Chancas, Aymaras, Yanaguaras, Chumbivilcas, Padrechilques, Collaguas, Hubinas, Canches, Canas, Quivarguaros, Lupacas, Capancos, Pucopucos, Pacajes, Yungas, Carangas, Quillacas, Chichas, Soras, Copayapos, Colliyungas, Guanacos y Huruquillas” (Ramos Gavilán 1621/1976:43 ), población multiétnica con destino al servicio de la huaca o santuario. Inclusive, se traslado familias de las panacas reales del Cusco, en representación de la nobleza cusqueña. Sin embargo, como un símbolo de reconocimiento al origen inca, Wayna Capac, le rindió los honores que el caso ameritaba, “para lo cual él todos los que buscaban su gusto hallaron traza fue hacer cajuelas de piedra bien labradas con sus contrapuertas, en las cuales ponían la ofrenda y sacrificio, y con unas maromas las dejaban caer en el lugar donde antes sacrificaban a pie enjuto” (Ramos Gavilán, 1621/1697: 97).

Copacabana no fue la única zona con población multiétnica, sino que hubieron otras áreas en las que se instalo grupo de mitimaes, pero con diferentes funciones estatales en territorios de los señoríos aymaras; unos fueron mitimaes religiosos, otros mitimaes agricultores, algunos mitimaes militares y finalmente mitimaes mineros.

En la misma altiplanicie el inca puso mitimaes Chinchaysuyus, tal el caso de la rivera oriental de lago – Omasuyus, cuya población local fue deportada al extremo norte del imperio, al Ecuador actual. En cambio sus colegas de la otra orilla, los Lupaca, permitieron también la instalación de mitimaes Chinchaysuyus. Pero los valles mesotermos orientales, son los que mas dramáticamente sufrieron las mutaciones poblacionales, fueron auténticos valles multiétnicos, desde Carabaya hasta Tarija. En los valles de Larecaja, Chuquiyapu, Río Abajo e Inquisive (La Paz), mitimaes provenían de los nuecleos de la puna: Pacajes, Lupacas, Collas y de la rivera oriental del lago – Omasuyus, que compartían terrenos con grupos mas alejados, como los Canas, Canchas, Chinchasuyus y Chachapoyas.

Sin embargo, en tiempo de Wayna Capac, se produjo una de las mas grandes movilizaciones poblaciones. Al fértil valle de Cochabamba, se traslado 14.000 mitimaes agrícolas de los más variados origenes: Collas, Soras, Charcas, Chichas, Caracaras, Carangas, Pacajes, Quillazas y Chisques, pero esta presencia multiétnica se hizo a expensas de los grupos locales como los Sipe Sipes, Cotas y Chui, que fueron ubicados mas al oriente.

Los 14.000 mitimaes fueron puestos al trabajo de los campos de cultivo del maíz, cuya producción estaba destinada el estado y para mantener un ejército compuesto de miles de guerreros. Bajo estas mismas características también se trabajaban las ricas zonas auríferas de Carabaya, Larecaja y Chuquiyapu, y las argentíferas de Porco, en las que reducidos grupos de mitimaes mineros que junto a pobladores locales extraían el roro y la plata con destino al estado inca.

Este panorama de transformaciones sociales impulsador por los incas en escasas seis décadas, es lo que encontraron los conquistadores españoles, junto a señoríos aymaras dispuestos a recobrar su autonomía.